هیات رئیسه مجمع نمایندگان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم متشکل از هیت رئیسه سنی و دائم است که مواد 4 الی 10 آیین نامه داخلی مجمع به تشریح آن پرداخته است:
هيأت رئيسه سني
ماده 4: اولين مجمع عمومي هر دوره، به وسيله هيأت نظارت بر انتخابات، آغاز مي‌گردد و پس از تلاوت آياتي از قرآن كريم هيأت نظارت، هيأت رئيسه سني را معرفي مي‌كند و از آنان دعوت مي‌نمايد كه در جايگاه قرار گرفته، اداره جلسه را به عهده گيرند.
ماده 5: هيأت رئيسه سنّي، مركب از دو نفر از مسن ترين نمايندگان حاضر در جلسه به عنوان رئيس و نائب رئيس و دو نفر از جوان ترين نمايندگان حاضر در جلسه به عنوان منشي مي‌باشد.
تبصره: در صورت تساوي سن ميان چند نفر از نمايندگان، هيأت رئيسه با قيد قرعه از ميان مسن ترين و جوان ترين نمايندگان حاضر تعيين مي‌شود.
ماده 6: وظايف هيأت رئيسه سنّي:
1 ـ اداره جلسات تا انتخاب هيأت رئيسه دائمي.
2ـ ثبت‌نام واعلام اسامي داوطلبان عضويت در هيأت رئيسه
تبصره: اسامي توسط منشی‌ها ثبت و بر حسب حروف الفبا اعلام می‌شود.
3 ـ برگزاري انتخابات هيأت رئيسه دائمي.
تبصره: هيأت رئيسه سني موظف است در همان جلسه يا حداكثر تا دو جلسه، هيأت رئيسه دائمي را مشخص نمايد و مسؤوليت اداره جلسات را به آنان واگذار کند.
ماده 7: اختیارات هیأت رئیسه سنی در محدوده وظایف همانند هیأت رئیسه دائمی است.
هيأت رئيسه دائم
ماده 8: هيأت رئيسه دائم مركب است از: رئيس و دو نايب رئيس و دو منشي كه براي مدت يك سال و با رأي مخفي نمايندگان انتخاب مي‌شوند.
تبصره 1 ـ افرادي كه داوطلب عضويت در هيأت رئيسه مجمع مي‌شوند، بايد شخصاً در جلسه حضور داشته و يا كتباً داوطلبي خود را به هيأت رئيسه اعلام كرده باشند.
تبصره 2 ـ تعداد داوطلبان عضويت در هيأت رئيسه بايد حداقل دوبرابر تعداد مورد نياز باشد.
تبصره 3 ـ داوطلبان رياست، هر يك مي‌توانند حدّاكثر تا 10 دقيقه و نوّاب و منشي‌ها هريك 5 دقيقه خود را معرفي كنند و يا وقت خويش را به فرد ديگري واگذار نمايند.
تبصره 4 - هیچ یک ازداوطلبان هیأت رئیسه نمی‌تواند به نفع داوطلب دیگر صحبت کند ویابه نفع دیگری انصراف دهد.
تبصره 5 - هر یک از نمایندگان که برای بیش از یک عنوان داوطلب می‌شوند فقط یک بار می‌توانند صحبت نمایند.
ماده 9: رئیس با رأي اكثريت مطلق (نصف + 1) نمايندگان حاضر در جلسه انتخاب مي‌شود.
ماده 10: نواب و منشي‌ها، هريك با رأي حداقل یک سوم نمايندگان حاضر و به صورت جداگانه انتخاب مي‌شوند.
تبصره: در صورتي كه در انتخاب اعضاي هيأت رئيسه، اكثريت لازم حاصل نشود، انتخاب مجدّد از ميان دو نفر از واجدين بيشترين آراء، با كسب اكثريت نسبي مي‌باشد.